本院成立於2001年，致力於原住民族高等教育人才之培育、原住民族知識體系之建構、並以協力促進我國原住民族之永續發展為設立院宗旨。本院設有族群關係與文化學系、民族語言與傳播學系、民族事務與發展學系、民族社會工作學士學位學程、以及原住民族樂舞與藝術學士學位學程等。本院各系所（含碩士、碩專以及博士班）、學程課程特別重視原住民族語言文化素養養成以及與跨領域學習，並以培育具備多元文化視野和實踐能力之知識菁英為教育目標。

歷史沿革

國立東華大學自民國83年7月1日創校以來，即規劃學校發展特色作為長遠目標，而有鑑於花東地區是原住民族群居住的主要區域，其多元並存的文化藝術風貌更是本校尤需汲取的本土文化資產。因此，東華大學於成立之初即設立「族群關係與文化研究所」，爾後，在教育部楊朝祥部長、行政院原住民族委員會華加志主委及教文處鄭天財處長等各界重要人士的大力支持下，成立全國第一所原住民民族學院。本院之歷史沿革及大事記簡述如下：

民國86年12月18日，在於行政院原住民族委員會大力支持下，簽約成立「原住民民族學苑籌備處」，以加強推展原住民文化推廣教育。
民國88年8月13日，教育部楊朝祥部長與行政院原住民族委員會華加志主委為評估設院之可行性，蒞校聽取簡報，隨行者有花蓮縣王慶豐縣長、楊仁福立委等人。楊朝祥部長聽取牟宗燦校長簡報後，當場裁示樂觀其成並允諾全力支持。
民國89年2月21日，教育部召開「推動原住民教育聯席會議」，宣布東華大學原住民民族學院自九十學年開始招生，並於民國89年4月27日正式核准原住民民族學院之設立。
民國89年11月25日，行政院原住民族委員會尤哈尼主委與東華大學牟宗燦校長共同主持原住民民族學院籌備處揭幕，積極展開設院準備工作。
民國90年8月1日，東華大學正式成立「原住民民族學院」，因應原住民族發展以及國家整體建設之需求，並建立本校學術發展特色。